Войти
EGEE News №3 2006 (13)
|
EGEE News - май 2006 |
Добро пожаловать в EGEE-II
В апреле мы приступили к реализации проекта EGEE-II, и поскольку он в значительной степени совпадает с проектом EGEE, я хотел воспользоваться этой возможностью, чтобы приветствовать как новых, так и прежних партнеров и останлвиться на некоторых ключевых изменениях, которые мы сделали в EGEE-II.
Самое существенное изменение касается увеличения числа участников, включающих теперь 91 партнера, подписавших контракт (контракторов) и 48 дополнительных участников, являющихся членами Joint Research Units. Это увеличило состав Консорциума и сблизило нас с родственными проектами, а кроме того, расширило область действия проекта. Мы чрезвычайно счастливы, что можем приветствовать в качестве полноправных партнеров по проекту американские и азиатские институты, с которыми мы работали в течение некоторого времени.
Я хотел бы также поблагодарить всех партнеров, которые приняли участие в совещании по проблемам переходного периода. Совещание было весьма успешным, было много выступлений, представивших полезную информацию по проекту и вызвавших оживленную дискуссию. Те, кто не смог присутствовать на совещании, могут ознакомиться со слайдами, доступными по адресу http://agenda.cern.ch/fullAgenda.php?ida=a061190.
Для EGEE-II мы реструктурировали нашу деятельность в нескольких областях, уделяя больше внимания поддержке приложений и распространению информации о проекте, чтобы обеспечить быстрое увеличение числа пользователей по сравнению с EGEE. Мы также обновили наши обязательства по отношению к промышленности, модифицировав Форум промышленности (Industry Forum) (теперь он относится к NA2) и программу EGEE по работе с бизнес-партнерами (Business Associate), определяющую рамки сотрудничества между EGEE и промышленностью. Имея формализованные отношения с открытой лабораторией ЦЕРНа (CERN openlab), весьма успешным проектом, объединяющим ЦЕРН и ведущие ИТ-фирмы, мы надеемся существенно расширить возможности для получения информации о нашей работе и использования нашей инфраструктуры промышленностью.
Что касается программного обеспечения EGEE, то в этом месяце мы проводим тестирование объединенного варианта LCG-2 и gLite, называемого gLite 3.0. Мы отдаем должное отличной работе в области программного обеспечения, выполняемой различными проектами во всем мире, и будем использовать в программном обеспечении EGEE-II большое число компонент из внешних источников, обеспечивая тем самым создание глобального эталонного программного обеспечения.
Забегая вперед, скажу, что в сентябре мы проведем конференцию EGEE'06, первую конференцию в рамках EGEE-II. Регистрация открыта уже сейчас, и мы надеемся, что эта конференция соберет гораздо больше участников, чем предыдущие конференции EGEE. Предполагается большее участие пользователей, членов промышленных предприятий и представителей международных организаций в Женеве, так что мы сможем информировать их всех о гриде и его возможностях. Мы планируем также провести Форум пользователей (User Forum), следующий за весьма успешным форумом, организованным NA4 в марте, а также конференцию EGEE'07.
Еще раз приветствую участников проекта EGEE-II. Я с нетерпением жду нашу совместную работу в течение следующих двух лет и уверен, что EGEE-II окажется таким же успешным проектом, каким был EGEE.
Всего хорошего.
Боб Джонс,
Директор проекта EGEE-II
Грид EGEE идет в наступление на птичий грипп
В течение апреля лаборатории Азии и Европы провели совместную работу по анализу 300000 возможных компонент лекарства против вируса птичьего гриппа H5N1, используя для этой работы инфраструктуру грида EGEE. Целью работы был поиск возможных соединений, которые могли бы подавлять активность фермента на поверхности вируса гриппа, так называемой нейраминидазы, подтип N1.
На фото показана область исследований.
Благодаря использованию грид-инфраструктур EGEE процесс поиска лекарства значительно ускоряется. Чтобы свести 300 000 компонент к 8 различным целевым структурам нейраминидаз гриппа А, были задействованы 2000 компьютеров, работавших в течение 4 недель в апреле. Если бы работал один компьютер, ему понадобилось бы 100 лет для решения этой задачи. Было создано и сохранено в реляционной базе данных более 60 000 выходных файлов с объемом информации 600 Гб. В настоящее время потенциальные компоненты лекарства против птичьего гриппа идентифицируются и классифицируются.
"Благодаря высокой скорости вычислений и возможности оперировать с громадными объемами данных в гриде можно очень быстро тщательно отбирать и изучать возможные компоненты лекарства, используя для этого соответствующие компьютерные программы моделирования", говорит Йинг-Та Ву, биолог из тайваньского Исследовательского центра геномики. "Это высвободит время химиков-фармацевтов, что позволит им оперативно реагировать на возникающую угрозу массового заболевания. Более того, в наших лабораторных исследованиях мы сможем скоцентрироваться на наиболее обнадеживающих компонентах, от которых мы ждем получения максимального эффекта".
"Эти результаты показывают, что грид является мощным и надежным ресурсом для ученых, открывающим новые возможности для исследований и улучшающим существующие методы", сказала Вивиан Рединг, представитель Еврокомиссии, отвечающая за Информационное Общество и СМИ. "Мне очень приятно видеть, что европейская флагманская грид-инфраструктура вносит свой вклад в решение таких неотложных и социально значимых проблем, как птичий грипп".
Опыт, полученный в предыдущем проекте WISDOM при обработке данных для поиска лекарства от малярии, позволил осуществить процесс in silico с использованием гридов менее чем за месяц. Были задействованы три грид-инфраструктуры: AuverGrid, EGEE и TWGrid. Существенная часть вычислений выполняется на платформе WISDOM, кроме того, применялось упрощенное приложение DIANE для достижения эффективного объединения и использования вычислительнцых ресурсов. Следующий сеанс WISDOM, имеющий целью поиск лекарств для нескольких заболеваний, которым раньше не уделялось достаточного внимания, запланирован на осень 2006 года.
Hannelore Hämmerle, NA2/CERN
День промышленности в EGEE
EGEE приобрел широкую известность в области грид-технологий, поэтому не удивительно, что некоторые из ключевых игроков в промышленности приняли участие в первом Дне промышленности, состоявшемся в Париже 27 апреля. Присутствие свыше 60 делегатов из более 30 европейских организаций, представляющих ИКТ, научные исследования, энергию, финансы, науку о Земле и физику, отражает постоянно растущий интерес промышленности и возможности использования грид-инфраструктуры EGEE.
Это событие вызвало большой интерес еще и благодаря дружественному подходу проекта к промышленности, нашедшему отражение в реформированном Форуме промышленности EGEE (Industry Forum), Группе промышленных задач (Industry Task Force) и программе EGEE по работе с бизнес-партнерами (EGEE Buisness Associate), целью которых является сделать открытой для промышленности инфраструкту и ноу-хау грида EGEE.
Многие участники пришли на День промышленности, чтобы услышать, как грид EGEE мог бы применяться в промышленной среде. Примеры успешного использования грида показали, что грид действительно является жизнеспособной альтернативой традиционным информационным технологиям.
Гибкость грида была продемонстрирована на различных приложениях – от задач из области науки о Земле до производства пластмасс, где грид дал реальную экономию для промышленных предприятий. NICE и DATAMAT предвидят свою успешную работу с EGEE и грид-технологиями.
О реальных возможностях грида можно судить по работе лабораторий Азии и Европы, которые использовали грид для поиска лекарств протв птичьего гриппа, Задача, которая потребовала бы 100 лет работы одного компьютера, была решена за 4 недели.
Естественно, что коммерческая ориентация аудитории привела к дискуссиям не только о реальном потенциале EGEE, но и о стоящих перед ним задачах с точки зрения бизнеса и окупаемости инвестиций, о его устойчивости и проблемах безопасности. Обсуждались вопросы о действиях по сертификации и стандартизации и о проблемах, стоящих перед EGEE с точки зрения промышленного использования сети GEANT.
В будущем Дни промышленности будут проводиться регулярно. Следующий День пройдет в Кембридже, Великобритания. На нем будут присутствовать директор проекта и представители NA2.
Подробную информацию о Форуме промышленности и Днях промышленности можно найти по адресу http://www.eu-egee.org/user-forum/industry_forum
Douglas McKinley, NA2/Metaware
Открытый семинар E-IRG по Е-инфраструктурам
Рефлекс-группа сетевой инфраструктуры - e-Infrastructure Reflection Group (e-IRG) - провела в начале апреля двухдневный открытый семинар по е-инфраструктурам. Семинар проходил под председательством Австрии от Евросоюза в городе Линце при поддержке Австрийской грид-инициативы. Руководил семинаром Дитер Кранцмюллер.
Работа семинара началась утром 10 апреля с закрытого совещания для делегатов e-IRG и продолжилась на пленарном заседании днем. Пленарное заседание началось с сообщения о проекте BELIEF, сделанного координатором Стивеном Бениансом, который провел свой первый мозговой штурм по Инфраструктурам знания будущего (Future Knowledge Infrastructures) сразу после семинара e-IRG. Затем Роберт Коен из GGF и Института экономической стратегии говорил о значении изучения грида для определения будущих технологий и инфраструктур. Сержи Жирона из BeinGrid представил проект, который демонстрирует вычислительную мощность грида для промышленности.
Второе пленарное заседание этого же дня было посвящено проблемам устойчивости. Васислис Магларис из GRNet говорил о будущем сетей, в то время как глава DEISA Виктор Алессандрини сосредоточился на будущем суперкомпьютинга. Лейф Лааксонен из CSC, следующий председатель e-IRG, представил Группу задач по устойчивым е-инфраструктурам (Sustainable e-Infrastructures Task Force) и рассказал об их текущей работе: подготовка статьи с набором рекомендаций, представленных Еврокомиссии в конце апреля. Предполагается, что это окажет помощь Еврокомиссии при составлении Седьмой рамочной программы (FP7 – Seventh Framework Programme), которая определит, как Еврокомиссия будет финансировать проекты по е-инфраструктурам в течение следующих семи лет.
Следующий день был отдан десяти дискуссионным группам, по пять групп в двух параллельных сессиях. Результаты дискуссий выносились на пленарное заседание в конце каждой сессии. Каждая дискуссия составит главу в австрийских "Белых страницах" e-IRG. Редакторы "Белых страниц", представители EGEE Фортис Караяннис и Панайотис Луридас, приняли решение использовать wiki-формат открытого доступа для пополнения "Белых страниц", и мы были бы рады, если бы члены EGEE поддержали их идеи и опыт в этой области. Адрес wiki-страницы, где можно увидеть названия глав и внести свои добавления, http://wiki.e-irg.org/bin/view/Main/AustrianWhitePaper.
Присутствие EGEE на семинаре было весьма значительным, и редакторы должны оценить активное участие членов EGEE и других заинтересованных сторон в работе e-IRG.
Следующее собрание e-IRG.пройдет в Финляндии в октябре этого года. Более подробную информацию об этом и о других новостях e-IRG можно найти по адресу http://www.e-irg.org. Вклад EGEE, вносимый деятельностью NA5, представлен на странице http://cern.ch/egee-NA5.
Joanne Lawson, NA5/CERN
АРХЕОГРИД - грид для прошлого
Современная археология является гораздо большим, чем просто рытье котлованов, она готова использовать грид и поэтому избавляется от своего низкотехнологичного имиджа в пользу высокотехнологичного подхода к раскрытию прошлого.
Идея Археогрида, грида для археологии, начала распространяться с 2003 года, когда она была представлена на конференции IEEE NSS-MIC в Портленде, США. Затем эта идея обсуждалась в 2004 году на конференции IEEE в Риме, Италия, и наконец в октябре 2005 года предложения по Археогриду были представлены для одобрения Консультативной группе EGEE по приложениям характерного вида (EGEE Generic Applications Advisory Panel). Консультативная группа сочла предложения по Археогриду весьма привлекательными, поскольку они добавляют к портфолио EGEE приложение из области гуманитарных наук. Группа рекомендовала утвердить эти предложения на собрании Форума пользователей в марте 2006 года. EGEE предполагает также, что консорциум Археогрида мог бы извлечь выгоду из сотрудничества с проектом DILIGENT (который работает над созданием электронных библиотек и заинтересован в аналогичных технических задачах) и что Археогрид-сообщество могло бы развернуть свое палеоклиматическое приложение на полигоне GILDA.
EGEE ожидает с нетерпением появления Археогрида: при развертывании археологического приложения на грид-инфрасируктуре возникнет много новых интересных и трудных задач благодаря сложности и разнородности археологических данных, полученных при раскопках и полевых исследованиях. Эти данные могут относиться к физике, химии, науке о Земле, биологии, географии, антропологии, социологии. С развитием археологических методов и теорий развиваются и способы получения данных.
Археологические данные теряют часть своего значения, когда рассматриваются вне начального пространственно-временного контекста, в котором они были получены. Этот пространственный и временной контекст современных археологических исследований простирается от места раскопок до гораздо больших регионов и охватывает длительный период времени. Заключительная стадия археологической работы также очень сложна, она включает визуализацию результатов (цифровые карты, виртуальные окружающие среды, двумерные и трехмерные изображения и т.д.) и текстовое описание, основанное на анализе результатов и теоретических знаниях.
Структура Археогрида должна слить эти различные подходы в единую систему, использующую сервисно-ориентированную архитектуру, программное обеспечение gLite, программное обеспечение DILIGENT и систему Open Geospatial Consortium Web Services. Сообщество Археогрида пытается сейчас создать интегрированную структуру Археогрида с помощью групп GILDA и DILIGENT.
В качестве археологического приложения грида планируется при помощи Археогрида провести исследование происхождения города в Средиземноморье В сотрудничестве с группой GILDA сообщество Археогрида развертывает на t-инфраструктуре GILDA палеоклиматическое приложение, использующее мезомасштабную модель с данными.настоящего времени. Следующим шагом будет запуск модели на археологических данных, соответствующих изучаемым столетиям.
Giuliano Pelfer, CSDC, University of Florence
Проект BELIEF
Можно, конечно, называть е-инфраструктуры "магистральным путем формирования знаний" ("knowledge generation highways"), но кто даст гарантию, что этот путь не останется пустым или недозагруженным? BELIEF, новый проект, финансируемый Еврокомиссией в соответствии с Шестой рамочной программой, должен помочь убедиться, что е-инфраструктуры эффективно эксплуатируются и развиваются во всем мире.
BELIEF сводит вместе акционеров е-инфраструктур, провайдеров и пользователей, чтобы помочь им обмениваться информацией о технологиях и потребностях пользователей и гарантировать эффективное сотрудничество Европы с другими регионами, особенно с регионами с развивающейся экономикой – с Индией и странами Латинской Америки. Чтобы собрать воедино эти сообщества, BELIEF предлагает регистрировать их членов в электронной библиотеке, представляющей собой on-line форум, как средство для поиска и контакта с другими членами и для знакомства с е-инфраструктурами. Помимо этого, BELIEF организует мероприятия, влючающие собрания для мозгового штурма, семинары по сетям и международные конференции, а также обеспечивает публикацию нужных материалов.
Первый мозговой штурм состоялся 11-12 апреля в Линце, Австрия, и был посвящен репозитариям научных знаний. Участники - эксперты высшего уровня, представляющие различные научные дисциплины, пришли к заключению, что такие инфраструктуры могли бы "высвободить глобальный научный и академический потенциал" и что этот замысел, хотя и амбициозный, может быть реализован. В первом Технологическом докладе BELIEFа будет описано, как может быть осуществлен этот замысел репозитариев научных знаний. Статья с изложением концепции этого замысла доступна на веб-сайте BELIEF.
BELIEF скоро опубликует промышленно-исследовательский (Research-Industry) справочник, сопоставляющий возможности и потребности, показывающий промышленности, что е-инфраструктуры существуют, а исследователям – достижения промышленности и демонстрирующий возможность совместных усилий этих сообществ. Публикации будут доступны через электронную библиотеку BELIEF, которая является богатейшим источником документации по е-инфраструктурам, собранной из разных проектов, таких, как EGEE и GÉANT, и сама помогает связать производителей и поставщиков благодаря специально разработанным средствам поиска документации.
Осуществление таких offline и online деятельностей позволяет BELIEF гарантировать, что магистральный путь формирования знаний построен и эффективно эксплуатируется, увеличивая ценность промышленности и исследований во всем мире.
Зарегистрируйтесь в BELIEF на странице http://www.beliefproject.org, чтобы сообщить о Вашей деятельности, поделиться своими знаниями и узнать больше о е-инфраструктурах.
Stephen Benians, BELIEF
Юго-восточная Европа обращается к азиатско-тихоокеанскому региону
EGEE по праву гордится своим широким распространением по всему миру: недавно наш международный подход принес свои плоды не только грид-сообществу, но и группе талантливых студентов-физиков из Сербии, которые побывали на Тайване по случаю празднования Всемирного года физики-2005. В течение 2005 года физические общества во всем мире проводили мероприятия, направленные на прославление и пропаганду физики, среди которых был и международный конкурс для учащихся высшей школы под названием "Молодые таланты в физических исследованиях".
Сербское физическое общество организовало такой же конкурс на национальном уровне и послало сотрудника EGEE Антона Балаца (Antun Balaz) в качестве своего представителя для сопровождения победившей команды студентов на "Международный симпозиум молодых полпредов физики", который проходил в университете Такманг на Тайване с 30 декабря 2005 года по 5 января 2006 года.
На тайванском симпозиуме студенты слушали лекции нобелевских лауреатов и посетили несколько исследовательских институтов Тайваня, в том числе Университет Тамканг, Тайваньский национальный университет и Физический институт Академии Sinica. Благодаря усилиям Антона Балаца и азиатско-тихоокеанским партнерам EGEE некоторым счастливчикам из сербских студентов удалось познакомиться с работой грида.
Поскольку Антон Балац представляет Сербию в EGEE-SEE (EGEE South-East-Europe Federation – Федерация Юго-восточной Европы в EGEE) и является одним из менеджеров грид-инфраструктуры в SEE-GRID, он организовал дополнительное посещение азиатско-тихоокеанского CIC/ROC (расположенного в Вычислительном центре Академии Sinica), где сербскую команду приняли менеджеры азиатско-тихоокеанского ROC Мин-Хонг Чаи и Джейсон Ши. Студентов познакомили с миром грида и основами грид-компьютинга, а также рассказали о развитии средств мониторинга Gstat.
Антон Балац обсудил настоящее и будущее сотрудничество с азиатско-тихоокеанскими коллегами в проектах EGEE-II, SEE-GRID и SEE-GRID-2. Мы поздравляем наших сербских студентов и надеемся, что их порадовало участие в международном сотрудничестве во время их посещения азиатско-тихоокеанского CIC/ROC.
Antun Balaz, Institute of Physics, Belgrade
