Войти
В рамках EGEE ускорена разработка новых лекарств от малярии
Приложение промышленного уровня Drug Discovery (поиск
лекарств), работающее в рамках проекта EGEE (Enabling Grids for E-SciencE) создано для поиска принципиально новых лекарств от малярии – болезни, от которой миллион человек умирает ежегодно и страдают ещё 300 миллионов. Во
многих регионах мира заболеваемость и смертность от малярии
повысились – главным образом из-за того, что наиболее
распространённое средство – chloroquine – фактически стало
бесполезным вследствие усиления устойчивости болезни к этому
препарату и повышения иммунитета к инсектицидам у насекомых,
переносящих малярию. В ходе исследований в области молекулярной
биологии удалось выявить паразитные белки – потенциальные цели для
лекарств от малярии.
С декабря 2004 в рамках EGEE – среди сервисов промышленного уровня – работает приложение Drug Discovery (поиск лекарств), позволяющее учёным вести докинг in silico. Исследователи могут вычислять вероятность прямого контакта между потенциальным лекарством и белком-мишенью. В данном случае это вероятность того, что потенциальное лекарство войдёт в прямой контакт с активной частью одного из паразитных белков малярии. Исследование подобного масштаба – 100 тыс. потенциальных лекарств – потребовало бы полугода работы одного компьютера, но в гриде EGEE оно было проведено за два дня. Следующий шаг – повышение эффективности приложения и обсчёт миллиона потенциальных лекарств за несколько недель, что в гриде EGEE вполне возможно. Исследователи надеются, что такое развитие событий позволит найти новое лекарство от этой болезни, каждый год причиняющей страдания миллионам людей.
Приложение Drug Discovery сейчас используют Институт алгоритмов и научных вычислений им. Фраунгофера (Fraunhofer Institute for Algorithms and Scientific Computing, SCAI) в Германии и Лаборатория корпускулярной физики в Клермон-Ферране (Corpuscular Physics Laboratory of Clermont-Ferrand), Франция, но, в принципе, оно доступно и другим учреждениям, ведущим поиск лекарств от таких болезней, как, например, лихорадка денге.
Ответственный за приложение Drug Discovery в SCAI д-р Мартин Хофман (Martin Hofmann) сказал: "Без применения грида такие крупномасштабные исследования были бы намного дороже и продолжались бы намного дольше. Благодаря гриду, биологи и химики могут сосредоточить свою экспериментальную работу на самых перспективных потенциальных лекарствах, что ускорит разработку коммерческих лекарств от малярии и других болезней." Он также добавил: "Грид мог бы быть катализатором разработки лекарств, объединяя и направляя усилия всех участвующих в этой работе биохимиков, медиков, и специалистов в вычислительной химии."
В рамках EGEE уже создана глобальная инфраструктура грид- компьютинга, благодаря которой учёным стали доступны колоссальные всемирные компьютерные ресурсы. В EGEE работают свыше 20 приложений, охватывающих самые разные области научной и экономической деятельности, включая физику высоких энергий, биологические науки, науки о Земле, физику космических частиц, вычислительную химию.
Скачать документ в формате PDF
С декабря 2004 в рамках EGEE – среди сервисов промышленного уровня – работает приложение Drug Discovery (поиск лекарств), позволяющее учёным вести докинг in silico. Исследователи могут вычислять вероятность прямого контакта между потенциальным лекарством и белком-мишенью. В данном случае это вероятность того, что потенциальное лекарство войдёт в прямой контакт с активной частью одного из паразитных белков малярии. Исследование подобного масштаба – 100 тыс. потенциальных лекарств – потребовало бы полугода работы одного компьютера, но в гриде EGEE оно было проведено за два дня. Следующий шаг – повышение эффективности приложения и обсчёт миллиона потенциальных лекарств за несколько недель, что в гриде EGEE вполне возможно. Исследователи надеются, что такое развитие событий позволит найти новое лекарство от этой болезни, каждый год причиняющей страдания миллионам людей.
Приложение Drug Discovery сейчас используют Институт алгоритмов и научных вычислений им. Фраунгофера (Fraunhofer Institute for Algorithms and Scientific Computing, SCAI) в Германии и Лаборатория корпускулярной физики в Клермон-Ферране (Corpuscular Physics Laboratory of Clermont-Ferrand), Франция, но, в принципе, оно доступно и другим учреждениям, ведущим поиск лекарств от таких болезней, как, например, лихорадка денге.
Ответственный за приложение Drug Discovery в SCAI д-р Мартин Хофман (Martin Hofmann) сказал: "Без применения грида такие крупномасштабные исследования были бы намного дороже и продолжались бы намного дольше. Благодаря гриду, биологи и химики могут сосредоточить свою экспериментальную работу на самых перспективных потенциальных лекарствах, что ускорит разработку коммерческих лекарств от малярии и других болезней." Он также добавил: "Грид мог бы быть катализатором разработки лекарств, объединяя и направляя усилия всех участвующих в этой работе биохимиков, медиков, и специалистов в вычислительной химии."
В рамках EGEE уже создана глобальная инфраструктура грид- компьютинга, благодаря которой учёным стали доступны колоссальные всемирные компьютерные ресурсы. В EGEE работают свыше 20 приложений, охватывающих самые разные области научной и экономической деятельности, включая физику высоких энергий, биологические науки, науки о Земле, физику космических частиц, вычислительную химию.
Скачать документ в формате PDF
